Danach war er als Vorstandsreferent in der Grünen Bundestagsfraktion tätig. Darüber hinaus war er als Mitglied der Grünen Grundsatzprogrammkommission an der Erarbeitung des neuen Grünen Grundsatzprogrammes (Berliner Programm) beteiligt. 2002 wechselte Peter Siller in den Planungsstab des Auswärtigen Amts.
Bis August 2008 war Peter Siller Leiter der Inlandsabteilung der Heinrich-Böll- Stiftung. Außerdem ist er Mitglied des Beirats der Grünen Akademie und geschäftsführender Vorsitzender der Grünen Grundsatzkommission. Heute ist er als Geschäftsführer des Exzellenz-Clusters "Formation of Normative Orders" an der Johann Wolfgang Goethe Universität in Frankfurt am Main.
Peter Siller ist außerdem leitender Redakteur der Zeitschrift polar im Campus-Verlag.
Zu seinen zahlreichen Veröffentlichungen zählen u.a.: Rechtsphilosophische Kontroversen der Gegenwart (1999), Politik als Inszenierung - Zur Ästhetik des Politischen im Medienzeitalter (2000), Zukunft der Programmpartei (2002), Arbeit der Zukunft (2006) und Politik der Gerechtigkeit (2009).

