Die Heinrich-Böll-Stiftung ist 1997 aus dem Stiftungsverband Regenbogen hervorgegangen, der Dachverband der drei Stiftungen Buntstift (Göttingen), Frauen-Anstiftung (Hamburg) und Heinrich-Böll-Stiftung (Köln) war.

Im Einverständnis mit der Familie Böll und der Bundesversammlung von Bündnis 90/Die Grünen trägt die Stiftung den Namen Heinrich-Böll-Stiftung, weil seine Person jene seltene Einheit von politischer Wachheit, künstlerischer Kreativität und moralischer Integrität verkörperte, die auch für kommende Generationen vorbildlich bleibt. Zivilcourage, Ermutigung zur Einmischung in die öffentlichen Angelegenheiten und das unbedingte Eintreten für die Würde und die Rechte des Menschen waren Kennzeichen des Schriftstellers Heinrich Böll. Dieser Tradition fühlt sich die Stiftung verpflichtet.

Bereits vor 1983 verfügten die Grünen auf Länderebene über parteinahe Landesstiftungen (vgl. die Rede zum 20-jährigen Bestehen der Stiftung Leben und Umwelt, Niedersachsen). Diese hatten auch schon vor 1983 versucht, eine grünnahe Parteistiftung auf Bundesebene zu gründen. Die Frauenanstiftung wurde von Frauen aus der Frauenbewegung getragen. Die Träger des Bewegungsmodells waren die „Bundeskonferenz unabhängiger Friedensgruppen“ und der „Bundeskongress entwicklungspolitischer Aktionsgruppen“. Die „Initiative zur Gründung der Heinrich-Böll-Stiftung“ entstand unter maßgeblicher Beteiligung von PolitikerInnen der Grünen, namentlich Lukas Beckmann und Christa Nickels, verstand sich aber ebenfalls als außerhalb der Partei stehend. Konstituiert hatte sie sich am 14. September 1986 in Köln.

Am 26. Juli 1988 wurde der Stiftungsverband Regenbogen e.V. gegründet. Zuvor hatten sich bereits am 1. Juli 1988 die Vertreter der Länderstiftungen zur „Buntstift-Föderation“ vereinigt. Am 15. August erkannte der Bundesvorstand der Grünen den Stiftungsverband Regenbogen als die ihm nahestehende politische Stiftung an.

Die Fusion der Einzelstiftungen zur neuen Heinrich-Böll-Stiftung wurde auf einer Bundesversammlung der Bündnisgrünen im März 1996 in Mainz in die Wege geleitet. Geschlechterdemokratie wurde als Querschnitts- und Gemeinschaftsaufgabe in der Satzung festgeschrieben. Die Verpflichtung, sich gegen die Diskriminierung von Schwulen und Lesben einzusetzen, wurde ebenfalls berücksichtigt, wie auch diePriorität migrationspolitischer Fragen. Die Vorlagen wurden schließlich mit großer Mehrheit verabschiedet. Gleichzeitig mit der Anerkennung als föderaler Bundesstiftung sprach sich die Versammlung für den neuen Namen „Heinrich-Böll-Stiftung“ aus. Mit dem 1. Juli 1997 nahm die neue Heinrich-Böll-Stiftung ihre Arbeit am neuen Sitz der Stiftung auf – in den Hackeschen Höfen, im Herzen Berlins.

Seit 2008 befindet sich die Zentrale der Stiftung im eigenen Gebäude in der Schumannstr. 8 in Berlin-Mitte. Im Juni begann der Einzug und fand seinen krönenden Abschluss mit dem Einweihungsfest am 25. September, bei dem neben zahlreichen Gästen aus der Politik, auch René Böll und Bundespräsident Horst Köhler anwesend waren.

Das neue Haus der Stiftung in der Schumannstraße bietet nicht nur ausreichend Platz für Konferenzen und Veranstaltungen, sondern zeichnet sich durch ein neues und wegweisendes Energiekonzept aus. Damit nimmt das Gebäude eine Vorreiterrolle im modernen Büro- und Konferenzgebäudebau ein.