Sebastian Schaffer wurde am 26. Juni 1980 in Eckernförde geboren. Er studierte Politische Wissenschaft, Nordische Philologie und Öffentliches Recht an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel. Sein Magister-Studium schloss er 2007 mit einer Arbeit zum Vergleich zwischen der schwedischen Elternversicherung und dem deutschen Elterngeld ab.

Neben seinem Studium arbeitete er von 2001 bis 2007 in der Pressestelle der schleswig-holsteinischen Landtagsfraktion von Bündnis 90/Die Grünen. Nach dem Studienabschluss 2007 folgten berufliche Stationen als wissenschaftlicher Mitarbeiter von Britta Haßelmann, MdB und als Vorstandsreferent der Grünen im Berliner Abgeordnetenhaus.

2009 wechselte Sebastian Schaffer als Referent zu Schulsenatorin Christa Goetsch nach Hamburg. Nach dem Bruch der schwarz-grünen Rathauskoalition übernahm er 2011 die Aufgabe als Pressesprecher der Grünen Landtagsfraktion Nordrhein-Westfalen. 2012 zog es Sebastian Schaffer zurück in den Norden, zunächst als Referatsleiter Reden und Grußworte in der Staatskanzlei Mecklenburg-Vorpommern und dann als Pressesprecher des Finanzministeriums Schleswig-Holstein.

2014 folgte er einem Ruf in die Wirtschaft und wurde Pressesprecher beim internationalen Pharmakonzern AstraZeneca. Von 2015 bis September 2019 war er stellvertretender Sprecher des Senats der Freien und Hansestadt Hamburg. Seitdem ist er als Manager in der Unternehmenskommunikation der Volkswagen AG tätig.